Насколько я помню по нашим стандартам безопасных систем, при таком уровне секретности все машины должны проходить спецпроверку перед установкой на объект, а программноаппаратных фиговин, которые контролируют работу с внешними носителями - полно.

А еще, все-таки, неломаемых систем нет, если, как многие считают, за этим стояло какое-нибудь homeland security, то абсолютно неважно - windows или *nix, думаю порядок сумм, для создания узконаправленного вируса был бы одинаков.